1. עיבוד חור עמוק נמצא במצב סגור או סגור למחצה, כך שלא ניתן לצפות ישירות במצב החיתוך של הכלי.
2. לא קל להפיץ חיתוך חום. באופן כללי, 80% מחום החיתוך נלקח על ידי שבבים בתהליך החיתוך, ואילו רק 40% בקידוחי חורים עמוקים. כלי החיתוך מהווה חלק גדול מחום החיתוך. קל לפזר מאוחר ולהתחמם יתר על המידה, וטמפרטורת החיתוך יכולה להגיע ל 600 מעלות. לכן יש לאמץ שיטת קירור מאולצת ויעילה.
3. שבבים אינם קלים לפריקה. בגלל עומק החור והדרך הארוכה של השבב, קל לחסום אותו, מה שגורם לסיבית להישבר. לכן, יש לשלוט באורך ובצורה של השבבים, ויש לבצע הסרת שבבים חובה.
4. הנוקשות של מערכת התהליך גרועה. בשל מגבלת גודל החור, יחס קוטר האורך של החור גדול, צינור המקדחה דק וארוך, הנוקשות גרועה, קל לייצר רטט, וחור הקידוח קל לסטייה, כך שהוא חשוב מאוד לתמוך ולהדריך.
על מנת להנחות נכון את הסיבית לתוך המקדחה, בדרך כלל מאמצים את שיטת העיבוד של חור המנחה על חומר העבודה או שימוש בשרוול המדריך, הראשון משמש לעיבוד של חלק אחד, והאחרון משמש לייצור אצווה. שגיאת הקידוח של חור עמוק נגרמת על ידי הפער בין הסיבית לשרוול ההנחיה (חור ההנחיה), ועולה עם עליית הכוח הצירי. השפעת הרווח בין שרוול ההנחיה לסיבית על שגיאת הקידוח. בתחילת הקידוח, הכוח הרדיאלי לוחץ על גוש מכוון הסיביות אל דופן החור של שרוול ההנחיה. בשל הפער בין השניים, מרכז הסיבית חורג ממרכז הסיבוב של היצירה. בשלב זה, קוטר החור שנקדח קטן מקוטר הסיבית. כאשר גוש המנחה מתחיל להיכנס אל החור המכונה, תחת פעולת קיר החור בקוטר מעט קטן יותר, הקצה החיצוני נלחץ החוצה, כך שמרכז המקדח מוסט בכיוון ההפוך למרכז הסיבוב של את החומר, כך שקוטר החור יורחב, והחיכוך בין גוש המנחה לדופן החור נלחץ, כך שמומנט הקידוח גדל במהירות.

